המדוזות באות

בעקבות כריית התעלה החלו בעלי חיים ימיים להגר מהים האדום לכיוון הים התיכון (מה שמכונה ההגירה הלספסיאנית), וגם בכיוון ההפוך, אם כי בכמות מועטה יותר (ההגירה האנטי־לספסיאנית). המדוזות למשל הגיעו אל חופי הארץ במסגרת ההגירה הזאת. ב־2004 הודיעה ממשלת מצרים על כוונתה להעמיק את התעלה ולהרחיבה לרוחב של 400 מטר, כדי שיוכלו לעבור בה מכליות נפט גדולות. רשות התעלה הזמינה מחברת מיצובישי מכשיר חפירה ענקי, הגדול ביותר מסוגו, שיוכל להעמיס עשרת אלפים טונות עפר בבת אחת.
ההערכה היא כי ההגירה הלספסיאנית, היוצרת בעיות אקולוגיות חמורות ומזיקה לדיג ולתיירות, תגדל עוד יותר ותפר את האיזון האקולוגי: בעלי חיים ממינים רבים ייעלמו, ואחרים (המדוזות למשל) יתרבו עד כדי מטרד. כפתרון חלקי של הבעיה הועלתה בארץ האפשרות להציב בכניסה לתעלה דלתות ענקיות כפולות (כמו אלה המצויות בתעלת פנמה), שביניהן יהיו מים במליחות גבוהה.