כולם חוץ מאסתר

רוב מגילות קומראן נכתבו על קלף עור, בודדות על פפירוסים ואחת על נחושת. מרביתן כתובות בעברית, ומבחינת תוכנן, הן נחלקות לכמה סוגים: הן כוללות את כל ספרי המקרא (למעט מגילת אסתר, שלא נמצאה), "פשרים" – פירושים למקרא, ספרים חיצוניים, תפילות ציבוריות לזמנים קבועים, לטקסים (כגון חידוש "ברית היחד") ולהרחקת כוחות רשע, תפילות אישיות וחוקי העדה.
עד גילוי המגילות, העותק הקדום ביותר של נוסח המקרא העברי המוכר, המכונה נוסח ה"מסורה", היה מסוף האלף הראשון לספירה. הממצאים החדשים חשפו נוסחים קדומים ביותר של אותם כתבים, ושפכו אור חדש על היהדות הקדומה ועל חקר המקרא.
לצורך הצגת המגילות לציבור הרחב הוקם ב-1965, לצד מוזיאון ישראל בירושלים, היכל הספר – מבנה מעוגל עם כיפה המזכירה את מכסי הכדים שבהם נתגלו הגווילים. החלוקה הפטאליסטית של בני קומראן בין טוב לרע מיוצגת אף היא בצורת המבנה, באמצעות הכיפה הלבנה הנראית על רקע קיר שחור.