מורשת בן גוריון בשדה בוקר

במערכת החינוך במדרשה נכללים כמה מוסדות בעלי אופי שונה, שמעניקים למתחם כולו את ייחודו. המוכר מביניהם הוא בית-הספר התיכון לחינוך סביבתי שהוקם לפני שלושים שנה. הלימוד בו ממוקד בתחומי האקולוגיה ומדעי הסביבה. בבית-הספר לומדים כ-250 תלמידים מכל רחבי הארץ, רובם תלמידי פנימייה. 

מלבדו פועל במקום בית-הספר היסודי "צין", בו לומדים ילדיהם של תושבי המדרשה וילדי משפחות אנשי הקבע המתגוררים בבסיס "רמון" הסמוך. 

עוד פועל במקום בית-ספר שדה על שם יהושע ונחמה כהן – זהו אחד משני בתי-ספר השדה הראשונים בארץ. בית-הספר משמש מרכז הדרכה ולימודי שדה בנושאים הקשורים לנגב ולמדבר ומקיים פעילות ענפה בתחום שמירת הטבע ואיכות הסביבה. בבית-הספר מרכז תצוגה מדברי ובו אוסף נחשים ייחודי, אוסף בדואי ואוסף ארכיאולוגי.
 
במרכז בין-תחומי ללימודי נגב, למדבר וסביבה יש פעילויות חינוכיות וסביבתיות ומרכז מידע. 

הפעילות החינוכית במדרשת שדה-בוקר נשענת על שיתוף פעולה עם אוניברסיטת בן-גוריון באמצעות שני מכוני המחקר האוניברסיטאיים הפועלים בה:
1. המכון לחקר המדבר על שם יעקב בלאושטיין – המכון עוסק בחקר תופעות מדבריות ובקידום אמצעים לפיתוח וליישוב הנגב ואזורים צחיחים בעולם. בין תחומי המחקר בקמפוס: פיזיקה של הסביבה, מטאורולוגיה, אנרגיה סולרית, ניהול משאבי מים, אקולוגיה, פיזיולוגיה של צמחים ושל בעלי-חיים, חקלאות מדברית, ארכיטקטורה מדברית, ביוטכנולוגיה וביולוגיה מולקולרית וסלולרית.
2. המכון למורשת בן-גוריון – פועל להנחלת מורשתו לדורות.